请教qRT-PCR数据统计问题
来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:数学作业 时间:2024/09/13 03:56:39
请教qRT-PCR数据统计问题
老师您好,请问荧光定量PCR数据统计中,control组(指实验中选取的对照组,一般为第一组)应该如何计算?由于对照组的Δct与自己相减所得的ΔΔct为0,2的0次方为1,因此重复三次实验后的三个对照组均为1,那此时应该如何做对照组的error bar?并且此时用SPSS分析难道都用1? 非常感谢
老师您好,请问荧光定量PCR数据统计中,control组(指实验中选取的对照组,一般为第一组)应该如何计算?由于对照组的Δct与自己相减所得的ΔΔct为0,2的0次方为1,因此重复三次实验后的三个对照组均为1,那此时应该如何做对照组的error bar?并且此时用SPSS分析难道都用1? 非常感谢
这样算:
你先把几次试验的对照组的平均值设为1, 再把每个单独试验对照组的数值算出和这个对照组平均值的差异,就可以计算标准差了.
这么简单的统计分析,用不着SPSS吧, excel就可以解决了.
再问: 谢谢您,可是我还是有点不明白:如果我重复三次,每次3个复孔(即一共9个孔),您指的“把几次试验的对照组的平均值设为1”是指把对照组的ΔCT还是ΔΔCT还是2的-ΔΔCT的平均值设为1啊?谢谢!
再答: 首先,你重复做一个样本(3个重复的孔),那只能算一个值(取平均)。 我说的1是指的相对表达量,不是ΔCT。你得到每个样本中目的基因和内参的CT值后,就可以算出相对表达量了,对不对? 这时,取所有对照组的平均值,设为1. 每次实验的对照组再和这个平均值1比较,就是对照组的标准差了。
再问: 您所说的目的基因和内参的CT值相减得到的不就是ΔCT吗?假设三次实验某一基因的对照组的均值为4,5,6,则均值为5,此时把5设为1,然后再怎么算啊?不好意思麻烦您再解答一下,非常感谢
再答: 按照你说的,5为平均值,那三个组分别和5比较,不就是-1, 0, 1三个值吗。得到的相对表达量就是0.5, 1 和2. 不管是CT值还是表达量,你都可以算出标准差,做出error bar了。
再问: 我知道了,可是这样出来的error bar好大啊,给人感觉误差会很大呀
再答: 这个error bar反应的是真实的差异啊,怎么会给人误差很大的感觉呢,我只是举了个例子,实际上你只要加样量控制的好,对照组的误差都是很小的。不会出现4, 5, 6这样的差异,一般都是在小数点后的差异
再问: 你是用graphpad作图吧?柱状图是选SD还是SEM?无论选哪个误差(0.5,1,2
)都是均值(1)的一半 ,这error bar也太大了吧
再答: 我都是用excel直接分析作图的,至于error bar有多大,那是实验决定的,和哪个方法作图无关啊。你看我贴在文库里那篇文章的图就知道了,对照组的error bar一般都很小的。如果很大,说你加样误差太大了。 另外,作图的时候,只显示上半截的bar就可以了。
你先把几次试验的对照组的平均值设为1, 再把每个单独试验对照组的数值算出和这个对照组平均值的差异,就可以计算标准差了.
这么简单的统计分析,用不着SPSS吧, excel就可以解决了.
再问: 谢谢您,可是我还是有点不明白:如果我重复三次,每次3个复孔(即一共9个孔),您指的“把几次试验的对照组的平均值设为1”是指把对照组的ΔCT还是ΔΔCT还是2的-ΔΔCT的平均值设为1啊?谢谢!
再答: 首先,你重复做一个样本(3个重复的孔),那只能算一个值(取平均)。 我说的1是指的相对表达量,不是ΔCT。你得到每个样本中目的基因和内参的CT值后,就可以算出相对表达量了,对不对? 这时,取所有对照组的平均值,设为1. 每次实验的对照组再和这个平均值1比较,就是对照组的标准差了。
再问: 您所说的目的基因和内参的CT值相减得到的不就是ΔCT吗?假设三次实验某一基因的对照组的均值为4,5,6,则均值为5,此时把5设为1,然后再怎么算啊?不好意思麻烦您再解答一下,非常感谢
再答: 按照你说的,5为平均值,那三个组分别和5比较,不就是-1, 0, 1三个值吗。得到的相对表达量就是0.5, 1 和2. 不管是CT值还是表达量,你都可以算出标准差,做出error bar了。
再问: 我知道了,可是这样出来的error bar好大啊,给人感觉误差会很大呀
再答: 这个error bar反应的是真实的差异啊,怎么会给人误差很大的感觉呢,我只是举了个例子,实际上你只要加样量控制的好,对照组的误差都是很小的。不会出现4, 5, 6这样的差异,一般都是在小数点后的差异
再问: 你是用graphpad作图吧?柱状图是选SD还是SEM?无论选哪个误差(0.5,1,2
![](http://img.wesiedu.com/upload/8/e5/8e55e0c553f9ceab7aed8beab0ece8e1.jpg)
再答: 我都是用excel直接分析作图的,至于error bar有多大,那是实验决定的,和哪个方法作图无关啊。你看我贴在文库里那篇文章的图就知道了,对照组的error bar一般都很小的。如果很大,说你加样误差太大了。 另外,作图的时候,只显示上半截的bar就可以了。