R软件中如何进行群落聚类分析?
来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:综合作业 时间:2024/07/09 00:44:48
R软件中如何进行群落聚类分析?
群落按照物种相似形组成进行聚类分析,可以用树状图较好的表现物种的组成关系.受到很多植被学家的重视.这里以R软件实现聚类分析为例.
如果按照物种组成的相似性做聚类分析,那么可以用Jaccard指数(经过转换的).Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现,盖度在分析的过程中并不起什么作用.但是如果对乔木和灌木进行分析,就可以考虑个体的数量,计算样方物种组成的相似性的时候用Bray-Curtis指数.Jaccard指数和Bray-Curtis指数在众多生态学相关的程序包中都是可以计算的.下面说一下在R软件中,结合vegan程序包,对草本样方的物种组成进行聚类分析.
下面是在R中的具体操作过程:#第一步#是矩阵的整理,建议先整理一下各样地的名录,成如下格式,再用R整理成物种矩阵.
如果按照物种组成的相似性做聚类分析,那么可以用Jaccard指数(经过转换的).Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现,盖度在分析的过程中并不起什么作用.但是如果对乔木和灌木进行分析,就可以考虑个体的数量,计算样方物种组成的相似性的时候用Bray-Curtis指数.Jaccard指数和Bray-Curtis指数在众多生态学相关的程序包中都是可以计算的.下面说一下在R软件中,结合vegan程序包,对草本样方的物种组成进行聚类分析.
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