设计引物的时候,我比对氨基酸序列,由于保守性很高,老师让我用核苷酸序列比对.

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/07/17 23:01:04

设计引物的时候,我比对氨基酸序列,由于保守性很高,老师让我用核苷酸序列比对.
我比对氨基酸序列,由于保守性及较高,老师让我用核苷酸序列比对.直接用核苷酸序列设计引物,由于核苷酸长度不一,但编码区CDS是差不多.抠出CDS比对,相似性还是比较理想的.CDS是小写的.然后也没对齐.还有数字,跟全长核苷酸序列不一样.我自己整理下格式,前面加个大于号,变成FAST格式.有的软件还不识别.准备手写引物按后用软件打分,哪位朋友有这方面的经验吗?没分了.悲催.求义务帮助.

要设计简并引物是么?最好还是使用CDS序列来做比对,然后根据保守区设计简并引物,CDS两端的非翻译区在物种间变化太大,不适合设计引物.把获得各个物种的CDS做成fasta格式的,序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符.然后用比对软件比对一下,如mega,DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对.在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了.设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值.不用计较打分的问题.因为你只能在保守区设计引物.图是做的DNA序列比对,有保守区和不保守区.我觉得,引物的3'端最好位于最保守的区域.

想问下各位高人,设计引物时没有所找物种的基因序列,想问下怎么进行多物种序列比对,找到相对保守区域呢怎样查找一种病毒蛋白所有不同亚型的基因序列?我想比对一下我这个蛋白的序列保守型, 经过同源比对得到一个基因的序列,我怎样才能知道该基因的保守区域呢? 为什么判断两个物种亲缘关系的时候要比对高度保守的序列（16sRNA）? 如何读基因序列,设计引物时的保守区指那一段序列引物设计,用PRIMER 5 设计引物时,有的mRNA设计出来的引物序列,即使最高分的那对,也有二聚体或交叉, 怎么用NCBI查询FeSOD的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢? PCR引物设计中的问题、保守序列在目的基因内、但是引物为什么在保守序列设计? 求PCR引物设计哪位朋友帮我设计一个引物,用下面的序列,最好有设计步骤,满意答案后再加30分,tgagaaaaca ac 如何使用DNAMAN软件将测序的序列翻译成氨基酸序列?怎么和已知的基因进行比对?麻烦具体点,非常感 scleraxis的基因序列设计引物怎么用NCBI查询新城疫病毒F基因的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢?