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如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性?

来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:综合作业 时间:2024/11/06 04:54:40
如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性?
我记得是寻找block,然后分析核酸序列之间的相似度
为了找出序列中的Blocks,可以借助Gibbs抽样法,也就是在多重序列中找出体现序列特性的最低模型,经Gibbs抽样法或EM法等反复抽样分析,得到Blocks,则包含在Blocks的序列已经具有显著性意义.使用macaw软件,1.5'UTR of HCV,BVDV and CSFV这些序列的blocks以及位置在哪里?重要性如何?
答:HCV5'UTR:278-ACTGCCTGATAGGGTGCTTGCGAG-310 重要性:maybe
BVDV5'UTR:214-ACAGCCTGATAGGGTGTAGCAGAG-237
CSFV5'UTR:306-ACGACCTGATAGGGTGCTGCAGAG-329
2.5'UTR of BDV,BVDV and CSFV这些序列的blocks以及位置在哪里?重要性如何?
答:BDV5'UTR:356- TCTGCTGTACATGGCACAT-374 重要性:yes
BVDV5'UTR:262- TCTGCTGTACATGGCACAT-280
CSFV5'UTR:357- TCTGCTGTACATGGCACAT-375