作业帮基因定位 如何设计引物
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/10/05 22:19:32
基因定位 如何设计引物
我需要精细定位一个基因,该基因已经被初步定在两个标记之间,但原来在此两个标记之间所设计的SSR引物并未表现出多态性,请问怎样再重新设计SSR引物或indel、snp标记,能够在更精确定位该基因呢
我需要精细定位一个基因,该基因已经被初步定在两个标记之间,但原来在此两个标记之间所设计的SSR引物并未表现出多态性,请问怎样再重新设计SSR引物或indel、snp标记,能够在更精确定位该基因呢
你是做什么物种.如果是已经测序全基因组的物种,找这两个标记在染色体上的位置,然后下载其间的序列,一段一段做blast,找同源物种（或亚种）之间有indel的区段设计引物,包含indel在里面,长度为90-200bp之间都可以,我一般用110bp左右.如果初步定位区段比较大,可以隔500kb一个标记先再确定一下.如果是做大群体定的话,那就卡在两端了,关键是找到好用的引物.