利用EST和生物信息学及细胞分子生物学技术研究某基因的功能,试设计技术路线
来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:生物作业 时间:2024/09/13 05:09:13
利用EST和生物信息学及细胞分子生物学技术研究某基因的功能,试设计技术路线
首先,EST序列的测序,得到该基因的EST片段
其次,生物信息学,用Go或者KEGG,分析该基因的功能分类,所在代谢途径等;通过NCBI Blastn,BlastX,tBlastn等比对与该基因同源性较高的基因序列和可能功能;通过ExPASY研究蛋白的特点,二级结构,三级结构等.
之后,根据已得到的信息,依据可能的功能设计细胞分子生物学实验,
例如,1利用已知序列,通过RACE方法获得该基因的cDNA全序列,通过巢式PCR或者Tail PCR的方法获得全基因组序列及promotor序列
2构建过表达载体,在生物体内过表达该基因,看是否获得可见表性
3构建反义RNA载体,或者RNAi载体,使该基因的表达沉默,看是否获得可见表性
4通过同源重组的方法,敲除该基因,看是否获得可见表性
5在该基因缺失的突变生物体中,过表达该基因,看表性能够得到互补t突变
6在该基因启动子后接上报告基因,观察该基因的表达位置
7在将该基因与报告基因后,进行亚细胞定位
8采用real-time-PCR的方法,观察该基因的表达模式
9采用基因芯片的方法,观察与该基因有关的基因
10采用酵母双杂交的方法,寻找与该基因相互作用的蛋白.
等等等等
其次,生物信息学,用Go或者KEGG,分析该基因的功能分类,所在代谢途径等;通过NCBI Blastn,BlastX,tBlastn等比对与该基因同源性较高的基因序列和可能功能;通过ExPASY研究蛋白的特点,二级结构,三级结构等.
之后,根据已得到的信息,依据可能的功能设计细胞分子生物学实验,
例如,1利用已知序列,通过RACE方法获得该基因的cDNA全序列,通过巢式PCR或者Tail PCR的方法获得全基因组序列及promotor序列
2构建过表达载体,在生物体内过表达该基因,看是否获得可见表性
3构建反义RNA载体,或者RNAi载体,使该基因的表达沉默,看是否获得可见表性
4通过同源重组的方法,敲除该基因,看是否获得可见表性
5在该基因缺失的突变生物体中,过表达该基因,看表性能够得到互补t突变
6在该基因启动子后接上报告基因,观察该基因的表达位置
7在将该基因与报告基因后,进行亚细胞定位
8采用real-time-PCR的方法,观察该基因的表达模式
9采用基因芯片的方法,观察与该基因有关的基因
10采用酵母双杂交的方法,寻找与该基因相互作用的蛋白.
等等等等
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