想请教一下RACE特异性引物的设计：

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：生物作业时间：2024/09/20 03:15:54

想请教一下RACE特异性引物的设计：
1,3'RACE就在越靠近3'端设计.5'RACE就在越靠近5'端设计.是不是越靠两头越好?
2,两者没什么关系,可以分开设计是吗?两个引物是不是都跟模板相同的?而不是设计一对引物的时候3'端要反向互补?
3,长度就是23-28个碱基是吗?.GC 50-70 Tm 70
4,是只要设计一个就好?还是同时设计几个好?

1 越靠两头越好,因为靠近两头扩增的两个片段就短,将来测序的时候花钱少,但前提是你得保证引物的TM值和RACE配套引物的TM值接近,还有引物的GC含量别太离谱
2 可以分开设计,但是5‘race 我们自己设计的引物时下游引物,应和已知序列模版片段反向互补,3’race我们设计的是上游引物和已知序列模版片段相同
3 设计原则（说明书提供）：
（1）引物长度以20-28 nt为宜.
（2）引物中的GC含量一般为45%-55％,GC、AT分布均匀,应尽量避免局部富含GC或AT.
（3）引物最好不形成二级结构（发夹结构等）,与5′RACE Outer Primer和5′RACE Inner Primer不能形成复杂结构.
（4）引物3′端的3～4个碱基不要与配对引物形成互补序列.
我个人比较看重自设引物的TM值和RACE引物的TM值是否接近,GC含量别太离谱就行,其他基本不考虑
4 一般5‘Race的自设下游引物是两个,其中一条在另一条的上游相距几个碱基（自己掌握）,用于巢式PCR,就是用RACE自带的上游引物和那个你自己设计的靠下游的下游引物进行第一轮PCR,再用PCR产物做模板以RACE自带的上游引物和那个你自己设计的靠上游的下游引物进行第二轮PCR,这样扩增的结果比较可靠,如果第二轮P不出来,说明第一轮P的产物可能存在问题,即可能是失败的.如果你资金比较充足,老板比较大方,可以多设几条以防不测
再问：你好，首先感谢你的耐心解释，我想知GSP1 和 GSP 2之间各多少个碱基比较合适？我的相隔好几十个，没问题吧？
再答：没问题，但一定注意TM值和GC含量
再问：我再看了一下，GSP1 和 GSP 2相隔100 个碱基。这样子会不会对巢式PCR造成影响？不知您回答里面的几个碱基是什么意思呢？感谢，中秋节快乐。
再答：不影响，因为有的时候我们已知的序列长度可能没有你的已知序列那么长，所以才说几个碱基。巢式PCR是说第二次PCR以第一次PCR的产物为模版进行扩增，假如你第一次PCR扩出的片段不是你预期的片段，即非特异性扩增，那么你第二次进行PCR的时候，显然引物无法与你第一次PCR产物结合，也就无法得到第二次PCR的扩增结果。反过来说，如果你只设计一条引物GSP1，那么你只进行一次PCR，得到的结果很有可能会是非特异性扩增，也就是说测序出来不是你要的序列，所以说巢式PCR更加可靠一些。

【引物设计】为什么引物太长也会降低PCR的特异性如何设计特异性引物我没学过分子方面的理论知识,但是现在我想做一个真菌的分子检测,就想设计一对引物进行特异性检测.要与其他什么是PCR引物的特异性 PCR引物设计不好,如何提高引物特异性? 如何设计随机引物我是想克隆一段已经转入水稻基因组的外源基因。打算设计一对引物其5‘端使用随机引物，中间用特异性内切在PCR产物基础上如何设计RACE引物,其原理是怎样的? 各位高手请问一下Burkholderia菌是属于细菌,我可以用3'RACE方法扩增其全基因序列吗?引物怎么设计引物的设计原则引物设计原则和具体步骤!原理! PCR的引物怎样设计, rt pcr的引物设计带酶切位点的引物设计问题特异引物PCR问题各位大牛,小弟初涉分子生物实验,最近在用设计好的特异性引物扩增保守序列,可是总也是扩增不出来,常常是只