作业帮生物学中选择压力的计算
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/11/08 11:35:52
生物学中选择压力的计算
我是研究艾滋病毒的,前面做了一些基础性的工作,现在转到了进化上,目前的研究问题是想看看一个病人体内的种种病毒随着时间的推移其承受的选择压力的变化情况.我们采集了单个病人不同时间点的病毒序列样本,现在想做以上分析,不太会,知道这里高手云集,知道可以应用的软件有PAML和datamonkey,我用他们做单个选择位点的确定还可以,然而这样又不能作为衡量整体上所受选择压力的指标.我金币不多,所以悬赏有限,如果可以,我到时再充电话费答谢.
我是研究艾滋病毒的,前面做了一些基础性的工作,现在转到了进化上,目前的研究问题是想看看一个病人体内的种种病毒随着时间的推移其承受的选择压力的变化情况.我们采集了单个病人不同时间点的病毒序列样本,现在想做以上分析,不太会,知道这里高手云集,知道可以应用的软件有PAML和datamonkey,我用他们做单个选择位点的确定还可以,然而这样又不能作为衡量整体上所受选择压力的指标.我金币不多,所以悬赏有限,如果可以,我到时再充电话费答谢.
不太了解你需要做的“选择压力”的设计是什么.按说选择压力计算应该是在一个参考和一个对照之间才对.比如你选择了初始时间的病毒序列作为参照,比较此后各个时间节点的病毒序列与对照之间的序列变异,并计算选择压力?PAML应该可以很方便的计算Ka/Ks值,这应该可以作为选择压力的一个衡量,同时还有个不很确定的信息,即PAML应该也能够进行分组计算,即将参考对照材料分成两组,看待测材料与两组对照之间的选择压力（或进化速度）是否相同.
再问： 抱歉，这两天有事情，没及时关注。是的，是选择了初始时间的病毒序列作为参照，比较此后各个时间节点的病毒序列与对照之间的序列变异，并计算选择压力。我已经在继续学习PAML了，不知道您会做吗？
再答： 看一下manual吧，大致的流程是先做比对，可以使用预测出的蛋白序列进行比对，软件可以用muscle或clustalw等，然后根据蛋白序列比对对齐的结果，把原始的编码序列替换回去，这个 对齐的序列，就可以用来生成PAML的输入文件了。而PAML的自由性很高，你可以先选择默认 方法生成输入文件，做一下看看。 我记得paper中经常会提到一些软件，可以直接做这种比对，刚简单google了一下，transAlign这个软件我应该看到有文献用过。
再问： 抱歉，这两天有事情，没及时关注。是的，是选择了初始时间的病毒序列作为参照，比较此后各个时间节点的病毒序列与对照之间的序列变异，并计算选择压力。我已经在继续学习PAML了，不知道您会做吗？
再答： 看一下manual吧，大致的流程是先做比对，可以使用预测出的蛋白序列进行比对，软件可以用muscle或clustalw等，然后根据蛋白序列比对对齐的结果，把原始的编码序列替换回去，这个 对齐的序列，就可以用来生成PAML的输入文件了。而PAML的自由性很高，你可以先选择默认 方法生成输入文件，做一下看看。 我记得paper中经常会提到一些软件，可以直接做这种比对，刚简单google了一下，transAlign这个软件我应该看到有文献用过。