作业帮SWISS MODEL建立三维结构,系统自动出来的三维结构进一步修饰问题
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/10/04 05:42:54
SWISS MODEL建立三维结构,系统自动出来的三维结构进一步修饰问题
还有系统生成的三维结构,怎么进行验证它对不对?或按照你的方法系统自动生成的三维结构后,怎么进一步进行修饰?
还有系统生成的三维结构,怎么进行验证它对不对?或按照你的方法系统自动生成的三维结构后,怎么进一步进行修饰?
我只粗略学过一点生物信息的知识,我觉得可以用不同的分析软件来处理下看看有无明显差异,而且一般库里（PDB）有的都是别人解过的,你研究的要是新的蛋白或是库里没有可以找专门解结构的实验室.修饰的话我觉得可以用软件.从库里把文件下下来,用软件分析会比较方便个人喜好,
我比较推荐Pymol (http://pymol.sourceforge.net/)（希望你能找到免费的）,可以选择显示不同的亚基或是形式（棍棒的,球棍的,卡通的,表面方式看个位点,还有可以滤掉一些水和侧链的,额,反正大概是这样）
算下原子间间距或是显示活性位点的分布等也是可以的.还可以涂个色等等.
再问： 谢谢！你所说的从库里把文件下下来，用软件分析会比较方便，是指从什么库里下什么文件啊？感觉要自己判断得出来的三维结构对不对，不知道怎么判断，有没有什么地方，分析什么氨基酸应该形成什么样的结构呢。我用SWISS MODEL分析出来的结构模型，和PDB库里一个模型差不多，但PDB库里的那个模型氨基酸才60，我的目的序列有245氨基酸呢，感觉形成的三维结构不完整。
我比较推荐Pymol (http://pymol.sourceforge.net/)（希望你能找到免费的）,可以选择显示不同的亚基或是形式（棍棒的,球棍的,卡通的,表面方式看个位点,还有可以滤掉一些水和侧链的,额,反正大概是这样）算下原子间间距或是显示活性位点的分布等也是可以的.还可以涂个色等等.
再问： 谢谢！你所说的从库里把文件下下来，用软件分析会比较方便，是指从什么库里下什么文件啊？感觉要自己判断得出来的三维结构对不对，不知道怎么判断，有没有什么地方，分析什么氨基酸应该形成什么样的结构呢。我用SWISS MODEL分析出来的结构模型，和PDB库里一个模型差不多，但PDB库里的那个模型氨基酸才60，我的目的序列有245氨基酸呢，感觉形成的三维结构不完整。