16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/07/05 16:32:11

16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手
是的，我是两条链都测序，就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接，
因为我两条分别去blast结果有很大的差异，如果能够帮两条链的重复部分拿去blast比对的话，这样不就更准确了吗，
经过“littlexueyang”的赐教我懂得了。
呵呵，刚刚搞定了，就是先用DNAman的sequence assembly直接导入两个序列，然后点击拼接，最后export序列就能够拼接成功。最后再blast。哈哈。

双向测序得到的两个序列如果有重叠区的话,那么可以做拼接.另外NCBI的blastn可以做两个序列的比较,通过blastn比较可以看两个序列有没有重叠序列.
做拼接有专门的软件,如DNAstar里面的SeqMan,VectorNTI里的contigexpress,DNAman里面的sequence assembly都是可以做拼接的.
如果你把克隆的16srDNA克隆到载体上测序的,那需要先把载体序列去掉才能拼接,如果是PCR产物直接测序,那可以直接做拼接.另外,最好把测序长度超过800bp的序列也剔除掉,因为在一个测序反应里超过800bp的序列测序准确率低,可以参照测序峰图剔除测序差的序列.载体序列和测序差的序列都会影响到拼接.
软件的使用比较简单,把你的序列文件做成fasta格式输入就可以.
最后拼接得到的consensus序列可以输出到文本.

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